根據熟諳國際法人士透露，十月二十二日由我國「駐美台北經濟文化代表處」（TECRO）與美國在台協會（AIT）所簽訂的「狂牛症協議」（Protocol of Bovine Spongiform Encephalopathy，亦即媒體所統稱之「台美牛肉議定書」），對照美牛輸韓與輸日的合約內容，有諸多原則性的不同，並非如官方所稱「比照韓國模式辦理」。

    據指出，我國與日、韓「進口美牛條款」最大不同之處，在於日本及韓國模式仍保有「自主把關」的權力，日本在這方面尤其嚴格。根據美國農業部所公布的輸日肉品條款，其中「加工條件」附註裡明定：「只有通過日本標準檢驗的美國牛肉生產廠，才能將牛肉輸往日本」，日本堅持必須由「自己人」長駐美國檢疫把關；而我國與美國所簽訂協議的第16條，卻明規定我國並不擁有親自把關、審理、鑑定的「自我保護權」。審理、鑑定、檢疫輸台牛肉生產廠的工作是由美方執行，我國僅會「被告知」檢疫的結果。

    一旦美國外銷牛肉發現狂牛症病例，我國與日、韓兩國依約所能採取的保護手段也有很大差異。韓國與美國簽定的進口條款中，即「合格／非合格產品」A項第二條規定，一旦美國肉品出現問題，「可在不告知生產國（美國）的情況下直接退回肉品」，而我國與美方所簽訂的議定書第九條則規定，我國必須等到「世界動物衛生組織」將美國本土列為狂牛症疫區後，才能「暫時」停止輸牛，且一旦疫情獲得改善，就必須恢復進口。

    值得注意的是，在我國與美簽定之「狂牛症協議」第18條中，更為美國「小於30個月的牛隻，包括其腦、眼、頭顱及脊髓」部位的食用安全背書（認定其為「非特殊風險物質」），僅明定大於30個月的牛隻，其腦、眼、頭顱及脊髓部位為「特殊風險物質」。

    另外，據指出，若比較美韓、美日簽訂的肉品進口協議，我國用字遣詞多半以「可能」（may）、「或許」（maybe）等保留商議空間的敘述為多，而日、韓則相當精確，表明一旦進口肉品發生問題，將一概拒絕，不容有議。